藥師如來的名號大家應都曾有聽聞，但卻較少人知道藥師七佛法門的由來。在印度有八個圣地，為二千五百多年前，本師釋迦牟尼如來弘揚正法的主要地點，其中之一為廣嚴城，城中有一棵巨大的樹，叫做“樂音樹”。這樹所覆蓋的范圍很廣大，坐于樹蔭下就似坐在密林之中。當年有眾多的比丘、菩薩及居士等在樹下聚集聽聞佛陀開示。有一次，曼殊室利法王子(即文殊師利大士)恭敬地向佛發問，祈請佛陀為了后世的眾生而講述其他佛陀的名號與本愿。曼殊室利法王子知道在正法期過后，五濁惡世中的眾生福薄根鈍，故在此時受了佛陀之加持而應機發問，而本師則隨求開示了對五濁中的苦難眾生最具利益之藥師七佛法門(見于《藥師琉璃光王七佛本愿功德經》)。
所以我們現在所知的藥師七佛佛名源自這部《藥師琉璃光七佛本愿功德經》，這部經的經名源自《藥師琉璃光七佛本愿功德經》中的記載。關于經名的經文如下：爾時具壽阿難陀即從座起，禮佛雙足，右膝著地，合掌恭敬，而白佛言：世尊，當何名此經？我等云何受持？佛告阿難陀：此經名為《七佛如來應正等覺本愿功德殊勝莊嚴》，亦名《曼殊室利所問》，亦名《藥師琉璃光如來本愿功德》，亦名《執金剛菩薩發愿要期》，亦名《凈除一切業障》，亦名《所有愿求皆得圓滿》，亦名《十二大將發愿護持》，如是名字，汝當奉持。
要簡單了解藥師七佛，就要了解《藥師經》。關于藥師經中國歷史上記載的曾有五個譯本：
1、東晉帛尸梨密多羅（317-322）所譯《佛說灌頂拔除過罪生死得度經》，為《大灌頂神咒經》之第十二卷，此本也被稱為《藥師琉璃光經》或俗稱的《灌頂經》；
2、南北朝劉宋孝武帝大明元年（457），慧簡于秣陵鹿野寺譯《藥師琉璃光經》，已佚；
3、隋煬帝大業十一年（ 615）時，于東都洛水南上林園翻經館，由達摩笈多(即法行)重譯之《佛說藥師如來本愿經》；
4、唐永徽元年（650），玄奘于長安大慈恩寺所譯之《藥師琉璃光如來本愿功德經》；
5、唐中宗神龍三年（707）義凈于佛光寺所譯之《藥師琉璃光七佛本愿功德經》。
（爾時，眾中有一菩薩摩訶薩，名曰救脫，即從座起，偏袒右肩，右膝著地，曲躬合掌，而白爾時，彼王推問其人，計算所作，隨其罪福而處斷之。時彼病人親屬、知識，若能為彼歸依世尊藥師琉璃光如來，
請諸眾僧，轉讀此經，然七層之燈，懸五色續命神幡，或有是處，彼識得還，如在夢中，明了自見?；蚪浧呷?，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼識還時，如從夢覺，皆自憶知善不善業，所得果報，由自證見業果報故，乃至命難，亦不造作諸惡之業。是故凈信善男子、善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號，隨力所能，恭敬供養?！睜枙r，阿難問救脫菩薩曰：“善男子！應云何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來？續命幡燈，復云何造？”救脫菩薩言：“大德！若有病人，欲脫病苦，當為其人，七日七夜，受持八分齋戒，應以飲食及余資具，隨力所辦，供養苾芻僧。晝夜六時，禮拜供養彼世尊藥師琉璃光如來，讀誦此經四十九遍，燃四十九燈，造彼如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量大如車輪，乃至四十九日光明不絕。造五色彩幡，長四十九拃手，應放雜類眾生至四十九，可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持?！保?/span>